Potrjenih 35 primerov angleške različice virusa

Včeraj je bilo opravljenih 5.316 PCR-testiranj, pozitivnih je bilo 1089 testov, kar je 20,5 odstotka. Podobno je bilo število pozitivnih testov tudi pretekli torek. Opravljenih je bilo 22.631 hitrih antigenskih testov. Z novim koronavirusom je v državi evidentiranih 11.298 aktivnih primerov, povprečje novih pozitivnih primerov je za zadnjih sedem dni v povprečju 766 na dan. Oba podatka v zadnjem tednu beležita rahlo vzpenjanje.

V bolnišnicah je bilo včeraj hospitaliziranih 546 pacientov, 105 na intenzivni negi. Umrlo je 10 oseb, 9 v bolnišnicah, eden v domu starejših občanov.

Med občinami glede na včeraj potrjene okužbe izstopajo: Ajdovščina in Sežana 13, Nova Gorica 19, Celje 30, Ilirska Bistrica 16, Rogaška Slatina 19, Velenje 15, Domžale 32, Jesenice 16, Kranj 33, Šenčur 12, Škofja Loka 14, Ljubljana 136, Maribor 34, Koper 70, Piran 25 in Izola 17.

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam SARS-CoV-2

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) so skupaj z institucijami različnih področij pripravili nacionalno strategijo sledenja znanim in novim različicam SARS-CoV-2, predstavila jo je Žohar Čretnik. Nacionalni inštitut za javno zdravje bo pokrival epidemiološke vidike in spremljanje epidemije, NLZOH, Inštitut za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani ter Klinični inštitut za specialno laboratorijsko diagnostiko na Pediatrični kliniki Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana bodo pokrivali sledenje v humanih vzorcih. Nacionalni inštitut za biologijo in NLZOH bosta pokrivala sledenje v odpadnih vodah na čistilnih napravah in v bolnišnicah. Nacionalni veterinarski inštitut pa sledenje pri živalih.

Namen spremljanja je hitro zaznavanje novih variant virusa z večjo prenosljivostjo oziroma težjim potekom bolezni ter spremljanje njihovih vzorcev širjenja. Genetske spremembe pri virusu lahko med drugim vplivajo na učinkovitost diagnostike, načine zdravljenja in izbor cepiva. Ko se pojavijo, se je treba pravočasno odzvati ter o ugotovitvah obvestiti tako domačo kot mednarodno javnost.

Strategija spremljanja pojavljanja in širjenja novih variant virusa SARS-CoV-2 zajema pet sklopov.

Prvi sklop je namenjen spremljanju novih variant pri ljudeh, pozitivnih na novi koronavirus s pomočjo sekvenciranja celotnega virusnega genoma. Potekalo bo kontinuirano z zajemom 5-10 odstotkov PCR-pozitivnih vzorcev iz celotne populacije v skladu s priporočilom Evropske komisije in še posebej pri posebnih ciljnih skupinah.

Drugi sklop je namenjen spremljanju novih variant pri ljudeh, a s pomočjo dodatnega testiranja s presejalnimi PCR-testi. Tudi za ta namen bodo testirali vsak deseti PCR-pozitiven vzorec iz osnovne diagnostike. Ta pristop omogoča hitro zaznavanje verjetne prisotnosti znanih pomembnih variant.

V tretjem sklopu bo potekalo sledenje s pomočjo analize odpadnih voda, ki omogoča zajemanje celotne populacije vključno npr. z asimptomatičnimi nosilci, ki niso napoteni na odvzem brisov. Prednost pristopa je tudi v tem, da z njim lahko odkrijejo več morebitnih novih mutacij.

V četrtem sklopu bodo spremljali variante SARS-CoV-2 v bolnišnični odpadni vodi in bolnišničnem okolju in s tem ugotavljali, ali se v tem okolju pojavljajo neznani primeri bolezni.

Zadnji, peti sklop predstavlja spremljanje variant SARS-CoV-2 v živalskem rezervoarju. Ključna točka za obvladovanje zoonoz je poznavanje mest, ki predstavljajo rezervoarje povzročitelja za okužbe pri človeku. Pomembno je tudi ugotavljanje občutljivosti različnih živalskih vrst za okužbo s SARS-CoV-2 in njihove vloge v epidemiologiji COVID-19. Spoznanja so lahko podlaga za odločitve medicinske in veterinarske stroke, potrebne za obvladovanje pandemije.

Rezultati sekvenciranja od 1. januarja do 22. februarja

Po besedah Žohar Čretnik je bilo na ta način pregledanih 1.475 vzorcev. Pri 379 vzorcih je bila kontrolirana prisotnost novih različic s sledenjem pomembnih mutacij na manjšem delu genoma, pri 1096 vzorcih pa je NLZOH skupaj s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko na Pediatrični kliniki Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana določil celotne genome.

Angleška različica je bila ugotovljena pri 6 od skupno 1096 vzorcev. En primer je bil potrjen že januarja pri potniku, ki se je decembra vrnil iz Anglije, pet pa so jih potrdili z nacionalno strategijo sledenja v januarju in februarju. Dva primera sta iz jugovzhodne regije, en iz savinjske ter dva iz podravske regije. Južnoafriška in brazilska različica nista bili zaznani. V vzorcih iz diagnostičnih mikrobioloških laboratorijev NLZOH iz vse Slovenije močno prevladuje različica B 1.258.17, ki v Sloveniji predstavlja 78,5 odstotka vseh sekvenciranih genomov. Ta različica se pojavlja tudi v drugih državah po svetu (na primer na Češkem, Slovaškem, Danskem, v Avstriji, Švici itd.).

S presejalnim rTEST COVID 19 (tako imenovani slovaški test) so doslej pregledali 2018 vzorcev. V 38 vzorcih je test pokazal morebitno prisotnost angleške različice. Od teh 38 so s sekvenciranjem genomov angleško različico potrdili pri 5 vzorcih. Pri 18 vzorcih so s sekvenciranjem potrdili prisotnost drugih različic, 15 vzorcev je še v procesu potrjevanja.

Na IMI so poleg NZLOH potrdili 28 vzorcev angleške različice virusa, skupaj je tako v Sloveniji ugotovljenih 35 takih vzorcev. IMI opozarja, da je 21 vzorcev takšnih, ki nimajo potovalne anamneze, kar z drugimi besedami pomeni, da so te osebe postale pozitivne na osnovi svojih stikov znotraj države. Razloga za širjenje angleške različice virusa sta nespoštovanje ukrepov in sama značilnost virusa, da se hitreje širi. Ocena, kateri razlog bolj vpliva je širjenje, ni mogoča.

Prisotnost angleške različice virusa bodo na NLZOH še bolj intenzivno spremljali v obalno-kraški regiji, zato so delež pozitivnih PCR-testov, ki jih bodo pregledali v tej regiji dvignili na 30 odstotkov.

Vir: Vlada RS